传统的以工程建设单位（建设指挥部）为主体的工程项目管理体制日益显示出其各主要环节设计、施工、物资供应之间互相分割与脱节，工程建设周期长，工作效率不高，投资效益低下等缺点。
明确提出了建立“以合同管理为中心、以施工管理为重点、以提高经济效益为目的”的管理体制及其运行机制的改革总体思路，提出了“有利于工程施工，有利于队伍建设。有利于提高企业经济效益”的项目管理指导思想和根本任务，并于1998年6～7月酝酿实施了二期工程施工管理体制改革方案。
一是理清职责，实行政企分离，避免交叉和重叠。政府部门的任务是宏观决策和加强监管，水利建设施工企业则从事具体的建设事务，各负其责，避免了职责不清。二是在制度设计方面进行严密科学地考虑，防止制度缺失，造成跑冒滴漏现象的发生。
1、区别工作内容不同 EPC模式包括对工程建设项目的设计、采购、施工、试运行等工作内容；DB模式是对从决策、设计到试运行的建设项目发展周期实行等工作内容。
2、E+P+C模式（设计采购施工）：这种模式涉及工程总承包企业承担工程项目的设计、采购、施工以及试运行服务等任务。在EPC模式下，企业需对工程的质量、安全、工期和造价全面负责。交钥匙总承包则进一步，向业主提供一个完全满足使用功能和条件的工程项目。
3、国内的大多数工程建设项目都是这种模式。该组织模式，对业主的项目指挥部提出了非常高的管理要求，需配备足够数量的技术专业人员，同时还要耗费大量的精力去全程参与协调和平衡各合同方之间的关系，而且各合同方之间相互制约，缺乏有机的联系，对技术问题的协商机制比较弱，有时甚至相互推脱责任，阻碍项目的顺利实施。
4、EPC合同采用固定总价合同，即项目最终的结算价为合同总价加上可能调整的价格。一般情况下，业主允许承包商因费用变化调整合同价格的情况很少，只有在业主改变施工范围、施工内容等情况下才可以进行调整。所以EPC模式对承包商的报价能力和风险管理能力提出了很高的要求。
5、EPC模式相较于DB模式更为全面，适用于房屋建筑，而DB模式则在工业工程领域更为常见。EPC总价合同下的风险主要由业主自行承担，DBB模式虽然管理成熟但周期长，成本高，设计与施工协调性较差，责任划分不易明确。CM模式以快速推进和质量控制见长，但对承包商要求较高，可能带来费用增加和合同复杂性。
6、承发包模式包括：工程总承包（EPC）模式、项目管理承包（PMC）模式、设计-建造（DB）模式、平行发包（DBB）模式、施工管理承包（CM）模式。工程总承包（EPC）模式 EPC工程总承包，又称设计、采购、施工一体化模式。
就目前而言，我国水利工程的管理方面仍然存在许多问题，比如：管理体制模式不灵活、体系不畅、缺乏养护经费、不健全体制等等，这对于水利工程来说，严重影响了其效益，无法对水利工程进行维护。
水利工程管理体制模式中存在的相关问题1缺乏对水利工程管理的重视在我国水利工程发展的现阶段，政府在工作中对工程的建设提高了重视程度，但忽略了对水利工程的管理。由于相关部门缺乏对水利工程管理的重视，造成水利工程在运行的过程中出现诸多的问题，缺乏相应的养护。
改革以后我国水利水电工程项目逐渐实行平行发包的模式，它是指项目业主对工程建设项目进行分解，根据内同不同发包给不同单位，并签订经济合同来实现双方的责任和权利的一种方式。
二是在制度设计方面进行严密科学地考虑，防止制度缺失，造成跑冒滴漏现象的发生。可以说，我国当前水利建设管理体制改革正是围绕这些方面进行，然而它各有利弊，其长处在于这种管理模式曾发挥了很大作用，特别是在计划经济时期，利大于弊。
